Алия Шайзадаевна Рустемова в 1992 году окончила Алматинский государственный медицинский институт по специальности «лечебное дело», в 2007 году – Жетысуский государственный университет имени И. Жансугурова по специальности «финансы», доктор медицинских наук.

Трудовую деятельность начала в 1992 году в Талгарской районной больнице города Талгара Алматинской области врачом-терапевтом.

Долгие годы работала в сфере здравоохранения городов Алматы, Талдыкоргана, Кызылорды, Петропавловска и Астаны.

С июня 2018 по август 2022 года занимала должность заместителя руководителя управления общественного здравоохранения города Нур-Султана.

До нынешнего назначения возглавляла многопрофильную городскую детскую больницу №3 Астаны.